برخی از اولویت های پژوهشی مرکز دین پژوهی و طب عبارتند از

1.انجام تحقيقات بنيادي و کاربردي

2.انجام تحقيقات در زمينه مطالعات تاريخ پزشکي ايران و طب اسلامي

3.تربيت نيروي انساني محقق در زمينه دين و سلامت

4.همکاری با مراکز تحقیقاتی و اجرایی در داخل و خارج از کشور